完成したフェンダーカスタムショップ製品には、その楽器がフェンダーカスタムショップで作られたことを証明する認定証が発行され、付属される。認定証には日付（月/日/年の順）モデル名とシリアル番号、そしてマスタービルトにはその楽器を手掛けたマスタービルダーのサインが、チームビルトにはカスタムショップの製造部門責任者のサインが直筆にて書かれている。
これら以外にも特定の限定モデルのための特別認定証が存在する。なお、1990年代半ばまでの認定証には当時のカスタムショップ責任者ジョン・ペイジのサインが書かれている。